In den "landwirtschaftlich benachteiligten Gebieten" (benachteiligte Agrarzone, kleine Gebiete und Berggebiete) erhalten Landwirte zum Ausgleich der natürlichen ungünstigen Standortbedingungen oder anderer spezifischer Produktionsnachteile eine Zulage. Die Zahlungen sollen zur Fortführung der Landwirtschaft in diesen Gebieten und zur Erhaltung der Landschaft beitragen sowie nachhaltige Bewirtschaftungsmethoden fördern. Große Flächen Bayerns und Deutschlands sind als benachteiligte Gebiete ausgwiesen.